一、服務(wù)介紹
宏基因組學(xué)研究不要求對每個微生物進行分離純化培養(yǎng)，而是直接從樣品中提取基因組DNA后進行測序分析。通過宏基因組測序，能夠解釋微生物群落多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進化關(guān)系、功能活性及環(huán)境之間的相互協(xié)作關(guān)系，地擴展了微生物學(xué)研究范圍。環(huán)境微生物多樣性檢測是指通過對環(huán)境中微生物16S rDNA高變區(qū)/ITS 的PCR擴增產(chǎn)物進行高通量測序，分析該環(huán)境下微生物群落的多樣性和分布規(guī)律。
二、分析項目
標準分析項目
1. 去除宿主污染，產(chǎn)出數(shù)據(jù)及質(zhì)控統(tǒng)計
2. 組裝前，通過K-mer分析評估樣品的測序深度
3. 序列組裝
4. 基因組結(jié)構(gòu)注釋（串聯(lián)重復(fù)序列注釋、短回文重復(fù)序列注釋、可變遺傳因子注釋、基因編碼區(qū)域預(yù)測、NCBI NR庫比對、致病島預(yù)測、前噬菌體預(yù)測、毒力因子預(yù)測，可選）
5.基因功能注釋（GO功能注釋，KEGG通路注釋，Swissprot數(shù)據(jù)庫注釋、COG功能分類）
6.比較基因組分析（基因家族分析，系統(tǒng)進化樹構(gòu)建，物種分期時間預(yù)測）
7. 生物種類和豐度估計
8. 樣本間群落結(jié)構(gòu)比較（多樣本）；
9. 微生物生物分布與環(huán)境關(guān)聯(lián)分析（多樣本）；
上等分析項目
重要結(jié)論的獲得;
聚類分析；
主成分分析；
通路富集分析；
功能富集分析；
個性化分析